Masjid ini tak memiliki kubah, melainkan hanya gapura dan pintu dari batu yang menjadi pintu masuk ke dalam gua.
Pada bagian dalam masjid terdapat batu-batu stalaktit dan stalakmit yang menghiasi langit-langit serta dinding gua, dan ukiran kaligrafi yang diukir langsung pada dinding gua.
Namun tak perlu khawatir, masjid ini tetap memiliki ventilasi untuk sirkulasi udara di sekitar gua, sehingga udara segar dari luar pun bisa dengan mudah masuk ke dalam gua.
Selain itu terdapat juga kipas-kipas angin untuk mendinginkan suhu di dalam ruangan, agar para santri dapat beribadah dengan nyaman.
Itulah informasi mengenai ponpes unik yang berada di dalam gua yang ada di Jawa Timur yaitu Pondok Pesantren Perut Bumi.(*)