4. Universitas Atma Jaya Yogyakarta
>> Peringkat 37 di Indonesia
5. Universitas Islam Indonesia
>> Peringkat 39 di Indonesia
6. Universitas Muhammadiyah Yogyakarta
>> Peringkat 40 di Indonesia
(*)
Disclaimer: Daftar dan peringkat universitas terbaik di Yogyakarta tahun 2025 di atas bisa saja berubah jika lembaga pemeringkat lainnya melakukan pemeringkatan dengan metode yang berbeda.
