Saat masa penjajahan Jepang, benteng ini pun jatuh ke tangan pihak militer negara Asia timur tersebut.
Benteng ini berada dalam kekuasaan Jepang dari 1942 sampai 1945.
Tahun 1965, benteng ini sepenuhnya dikuasi pihak militer Indonesia namun saat itu sudah sebagian tertimbun tanah, hingga dikenal dengan nama Benteng Pendem.
Saat ini Benteng Pendem menjadi salah satu objek wisata sejarah di Kabupaten Cilacap yang sering dikunjungi terutama oleh pelajar.
Itu tadi tentang bangunan Belanda Benteng Pendem Cilacap yang usianya lebih dari 1 abad dan memiliki parit besar berkedalaman 3 meter.
