Berbeda dengan Pondok Pesantren lainnya, Ponpes Istighfar Tombo Ati tidak menerapkan sistem menginap bagi para santri-santrinya.
Melainkan hanya datang untuk sekedar berkonsultasi terutama tentang kehidupan dan diselesaikan dengan cara ilmu agama.
Setiap harinya, setidaknya sekitar 250 preman yang datang ke Ponpes Istighfar Tombo Ati ini untuk mendapatkan bimbingan dari Gus Tanto.
Dalam mendidik para santrinya pun Gus Tanto tidak hanya dilakukan sendiri, ia pun dibantu pula oleh para ustad dan ustadzah yang berkompeten di bidangnya.
Baca Juga: TOP 5 Ponpes Terbaik di Indonesia, Semuanya Ada di Jawa Timur? Para Calon Santri Harus Tahu Ini
Di sini para santri pun mengikuti pelajaran agama, seperti tafsir Al-Qur'an, Fiqih, Hadist, dan sebagainya.
Walaupun santrinya silih berganti, Gustanto pun selalu berpesan kepada mereka untuk selalu berbuat baik.
Dan ia pun meyakinkan bahwa Al Qur'an sudah menerangkan, kesalahan sekecil apapun kebaikan akan tetap dibalas dengan kebaikan, pun sama halnya dengan keburukan
Selain para santri yang mayoritas adalah mantan preman, Ponpes Istighfar Tombo Ati juga memiliki keunikan lain yaitu pada ornamen bangunannya.
Baca Juga: 6 Ponpes Terbesar Asia Tenggara Ada di Indonesia, Mampu Tampung Puluhan Ribu Santri!
Pada bagian depan pesantren terdapat sebuah patung naga terpotong dengan ususnya yang terburai.
Patung tersebut pun diketahui melambangkan pemutusan hubungan dengan kejahatan.
Dan diantara potongan tubuh naga itu pun tertulis kalimat Arab yang berbunyi
"Innasholati Whanushuki Wamahyaya Wamamati Lillahi Ta'ala" yang memiliki arti, sesungguhnya shalatku, ibadahku, hidupku dan matiku hanyalah kepunyaan Allah.
Di dalam musholanya pun terdapat lampu disko yang memberikan suasana berbeda saat shalat berjamaah. Sementara di dindingnya terdapat tulisan "Wartel Akhirat 0.42443" yang dimana angka-angka tersebut merupakan jumlah rakaat shalat.
Baca Juga: Konsep SMKN Jateng Diusulkan Diterapkan Pada Ponpes di Seluruh Indonesia
